物語の構成から見たとても面白い視点だと思います。
確かに、敵が謎を抱えた政府である以上、それを今後描いていかなければならなくなりますね。古代兵器、ポーネグリフ、巨大な王国etc…
その謎が明かされるまで読者は「別にそんなことに興味ないルフィ達の冒険」を見ることになるので、いわば作者のGOサインがあるまで放置されてしまう…。勢いをもって謎を明かすのであれば、確かに最終章こそが相応しいかもしれませんね。
空島編のように、冒頭の謎(空から降ってくる船、突然来る夜、巨人の影)をその長編の最後に回収するような、いわば映画的なまとめ方だとスッキリするんですが…。
テーマも本当に重要だと思います。それを一貫することも。
ルフィの原点は憧れの追求、作風は冒険譚、キャラクターは人間らしく…ずっとこうであって欲しかったですね。
作者や編集の手腕を疑うことになるとは、当時は思いもしませんでした。